LE ORIGINI
Nella zona di San Bonifacio probabilmente esistevano piccoli villaggi fin da epoche remote con epicentro sull'altura della Motta.
EPOCA ROMANA
Di epoca romana sono state ritrovate: l'ara dedicata a Mercurio attualmente murata, come pietra angolare nel campanile della chiesa parrocchiale, un'ara di marmo dedicata a Giove, una lapide funeraria entrambe nella cripta dell'abbazia di Villanova ed iscrizioni trovate a Villabella.
La via Postumia probabilmente attraversava a nord il territorio di San Bonifacio.
In Villanova, venne trovato nel 1942 in occasione dell'allargamento dell'ex SS 11, a circa due metri sotto il letto del torrente Tramigna un ponte romano sovrastato da una via romana dai caratteristici blocchi di sasso nero.
In epoca romana i confini tra Verona e Vicenza passavano per la frazione Locara.
Nella frazione di Lobia, nel 1490, venne scoperto un importantissimo cippo romano che indicava i confini tra il territorio romano d'Este e quello di Vicenza.
Il MEDIOEVO
Questo confine fu mantenuto anche durante il periodo medievale fino ad arrivare ai nostri giorni.
Importante è la località chiamata "Torri di Confine" con la sua chiesetta dedicata a San Michele Arcangelo venerato come difensore dei confini.
È proprio un luogo di culto come la chiesetta di San Michele a Torri di Confine in Locara a testimoniare la presenza longobarda sul territorio del comune sambonifacese
Tra VI e VII secolo d.C. i Frati Benedettini edificarono l'abbazia di Villanova dedicandola a San Pietro in sostituzione di un antico tempio pagano dedicato a Giove e con l'aiuto degli abitanti del luogo bonificarono l'intera campagna che si estendeva dalla Postumia fino all'Adige.
Nel 763 Sant'Amselmo del Friuli, fondatore del monastero di Nonantola, fece costruire una chiesetta ai confini della diocesi vicentina, dedicandola a San Pietro.
Nel periodo carolingio la zona di San Bonifacio rientrava nel Comitato Vicentino che si estendeva verso occidente oltre gli attuali confini della provincia di Vicenza.
Di pari estensione era la Diocesi Vicentina, tant'è che ancora il Comune di San Bonifacio, pur essendo in provincia di Verona, ne fa parte.
Dissolto l'impero carolingio, la minaccia veniva da est ed erano gli Ungari e probabilmente il castello della Motta venne costruito in tal occasione.
Nella zona "sambonifacese" esistevano già degli agglomerati rurali e, con la disgregazione del Comitato vicentino, il marchese Milone di San Bonifacio di origine franca e capostipite della famiglia dei Conti di San Bonifacio estese i suoi domini nelle terre "sambonifacesi" dando cosi l'attuale nome al paese.
La Famiglia dei Conti di San Bonifacio primeggiò per quasi due secoli nella Città di Verona, della quale i San Bonifacio furono anche spesso Conti e Podestà. Il testamento di Milone (955) parla di un castello e di una cappella dedicata a San Bonifacio.
Nel XII secolo, nel territorio fra il castello della Motta e l'abbazia, stava nascendo una numerosa comunità rurale e per questo motivo si costruì una nuova chiesa dedicata a Sant'Abbondio.
Nel XII nacquero alcune realtà rurali come i Comuni di San Bonifacio, di Villanova e Locara
Nel 1222 abbiamo il primo documento che dimostra l'esistenza della chiesa di Santa Maria Maggiore, chiesa nella quale si trasferì l'arciprete du Sant'Abbondio prima della distruzione del castello.
Nel 1243 La chiesa di Sant'Abbondio, la chiesetta di San Bonifacio assieme al castello vennero distrittue dal tiranno Ezzelino da Romano e San Bonifacio, passò sotto il dominio scaligero.
Nel 1299 Bartolomeo della Scala stipulò un patto col Comune di San Bonifacio. Sotto Cansignorio della Scala il territorio scaligero venne ordinato in Capitaniati ovvero aggregazioni di Comuni; la zona sambonifacese apparteneva al Capitaniato con centro Soave. I Capitaniati, ebbero però breve durata e a fine '300 furono sostituiti dai "Vicariati" aventi minore estensione. Sede del Vicariato nella zona divenne San Bonifacio con giurisdizione su località come Torri di Confine, Locara e Villanova.
XV secolo - La dominazione veneziana portò con la pace, un aumento dei traffici e degli scambi commerciali tra i prodotti rurali e quelli della città. Per questo nel secolo XV San Bonifacio godette di una gran prosperità arricchendosi di estese campagne, ricostruendo molte case in muratura, allargando l'area abitativa del paese e vedendosi riconfermare nel 1407 i privilegi concessi dal patto del 1299.
Tra il 300 ed il 400 Guglielmo da Modena fece restaurare l'abbazia dopo un lungo periodo di decadenza e le restituì gran parte del perduto prestigio.
Nel 1417 L'Arciprete della Pieve fece ampliare la chiesa di Santa Maria-Sant'Abbondio, ormai incapace ad accogliere le persone che in sempre maggior numero assistevano alle celebrazioni sacre.
Oltre alla chiesa appena citata venne costruita anche un'altra chiesa,dove ora si trova il Cinema Centrale, detta di S. Maria della Misericordia oppure della Disciplina, con accanto un piccolo ospedale, adesso entrambi distrutti.
ERA MODERNA
Nel 1562, a seguito del Concilio di Trento, i frati Benedettini rinunciarono all'Abbazia di Villanova ed a loro subentrarono gli Olivetani.
Nel 1630 Dopo la peste e le guerre del 500 la popolazione lentamente si stava riprendendo.
Nel 1743 L'Arciprete di Santa Maria Maggiore segnalò al Comune la cattiva situazione della sua chiesa che era divenuta piccola per le necessità dell'epoca.
Nel 1753 iniziarono i lavori ma questi durarono a lungo e procedettero con lentezza per motivi finanziari.
L'8 settembre 1883 la chiesa venne consacrata ufficialmente.
Era arrivata l'epoca napoleonica e l'11 novembre 1796, prima della celebre battaglia d'Arcole, Napoleone fu sconfitto a Villanova.
Oltre 400 soldati francesi, feriti o ammalati, furono ammassati nell'antico complesso monastico.
In seguito, il generale francese vinse ad Arcole ma San Bonifacio risentì solo marginalmente della battaglia.
ERA CONTEMPORANEA
Ciò che cambiò profondamente il paesaggio sambonifacese sarà, negli anni '50 dell'800 il tracciato della "strada ferrata lombardo-veneta" detta anche "Ferdinandea".
Nel 1849 venne eretta la stazione nel Comune di San Bonifacio e lo attraversava interamente collegando Milano a Venezia.
Fu una fortuna per l'economia locale.
Vista l'importanza come centro del Distretto austriaco, il livello economico di molti cittadini e la facilità di comunicazione con i comuni vicini e con le città di Verona e Vicenza San Bonifacio fu uno dei pochi comuni dotati di un teatro stabile durante la dominazione austriaca: era il "Teatro Adelfico".
Nel 1876, San Bonifacio aderisce nel regno d'Italia, si costruì l'odierno Municipio, realizzato su disegno di Antonio Caregaro Negrin.
Nello stesso anno si sostituì il vecchio ponte sull'Alpone con l'attuale avente strutture in ferro ma più basso degli argini.
Nel 1892 Per favorire l'attività produttiva agricola venne costituita l'Associazione Agraria del Basso Veronese che prese successivamente il nome di Unione dei Consorzi Agrari di Legnago, Cologna Veneta, Isola della Scala, Sanguinetto e San Bonifacio.
Fu grazie all'Unione che si sviluppò in maniera particolare la coltivazione delle barbabietole da zucchero con la costruzione dello Zuccherificio a Villanova, edificio esistente. esempio di archeologia industriale ed in stato di abbandono.
Altro campo d'intervento fu la zootecnia per cui venne rilanciata l'antica Fiera di San Marco in occasione del 25 aprile e continuò la felice tradizione della Fiera di San Michele il 29 settembre.
Nella prima metà del '900 viene bonificata la valle Zerpana.
Nel 1925 nasce la parrocchia di Lobia.
Nel 1933 avviene l'inaugurazione dell'ospedale Zavarise Manani.
Nel 1935 nasce l'oratorio con la chiesa di San giovanni Bosco.
Negli anni 40 viene costruita la nuova chiesa di parrocchiale di Prova.
Nella seconda guerra mondiale a causa la linea ferroviaria e il ponte per Monteforte d'Alpone, il paese e le sue vicinanze subirono bombardamenti e mitragliamenti intensi.